저도 늘 생각만 하고 있지 말입니다 ㅋㅋ 화이팅 입니다.

@컴대장 전 회사에서 깡패24를 사용중이라 ^^

계정 생성시 기본 폴더에 알리아스로 data와 root theme plgin 정도만 (쇼핑몰은 shop도 있어야 해요 ㅠㅠ) 알리아스 잡아둬도 될듯 합니다.

저도 비슷한 고민을 했었습니다. 그때가 컴대장님처럼  2~30여개쯤 되었을 때인 것 같네요.
흐지부지하며 지나가다 재작년인가 서버 하나 새로 들이면서 다시 고민했었는데 그 때는 50여개로 늘어났을 때였습니다.
우선 직접 관리하는 호스팅이니 계정을 하나로 통일해서 htaccess로 각 도메인별 폴더로 흩어지게 구상하고 업데이트가 필요한 부분은 공용으로 분리해서 작업해보았습니다.
첫번째 문제는 DB관리가 힘들어지는 점이 있었네요. (전 사이트별로 DB를 따로 구성해서 그럴지도 모르겠습니다.)
두번째는 ssl적용의 문제가 발생했습니다. ssl에서 크로스 도메인이 해결되지 않습니다. (적으면서 생각해보니 url이 아니라 path로 했으면 어땠을까 싶네요 ㅡ,ㅡㅋ)
요즘도 가끔 그 생각을 하는데 samesite이슈 때문에 분리를 어떻게 해야 할지 조금 막막하네요.

혹시 작업이 성공적으로 끝나시면 저에게도 정보좀...굽실~

@컴대장 DB를 따로 구성하면 꼬이거나 겹치는 일이 없어 지장은 없었습니다. config.php, data 폴더를 제외한 나머지를 ln -s 로 처리하고 config.php data 폴더는 도메인 별로 작동하게끔 하면 http 상으로는 큰 무리 없이 돌아갈겁니다.

요즘 transparent file system 지원하는 리눅스는 없나요?
/home/g5를 /home/user/public_html에 transparent 로 마운트 하면.

원본이 그대로 보입니다.  public_html에서 수정을 하면,  수정된 파일이 보이게 됩니다.

이쪽 파일을 지우면 원본이 보이게 되죠.

업데이트는 g5쪽에서 하고..

찾아 보니 바로 몇일 전에 출시 되었네요

https://zfsonlinux.org/

https://openzfs.github.io/openzfs-docs/Getting%20Started/Ubuntu/index.html

@컴대장 예전에 여러명이 나눠서 그렇게 쓰긴 했는데..  (선 솔라리스),  이 솔루션은 모르겠네요..

그래도 2월 10일에 릴리스 됬으니 한번 테스트해 보세요

전 이번에 테마에 웬만한 스킨과 플러그인을 모두 담고 extend 파일을 별도로 만들어 사용하니 업데이트 패치 할 때 config.php 파일 말고는 딱히 방해되는 요소가 없더라구요.....^^

무슨 말씀이신지는 몰라도..
꼭!! 필요한것이라는 느낌이 드네요.
화이팅입니다요..

전 아무리 유혹이 있어도 코어파일은 절대 건들지 않습니다.  테마, extend, 후킹으로만 만들어요.
이렇게 하니까 업데이트 나와도 걍 덮어쓰면 끝!  간단하쥬~