해당 창에는 메뉴 이름이 다른걸로 설정이 잘 되있는데, 저렇게 뜨네요 ㅠ

주먹구구식으로 뒤져본 결과

<a href="<?php echo $list[$i]['opener_href'] ?>" class="scrap_cate" target="_blank" onclick="opener.document.location.href='<?php echo $list[$i]['opener_href'] ?>'; return false;"><?php echo $list[$i]['bo_subject'] ?></a>

위 코드 부분에서 메뉴1이라고 표시가 되어지는 것 같습니다.
뭐 때문에 메뉴 이름을 메뉴1, 메뉴2로 인식하는지 잘 모르겠네요..

<?php
if (!defined('_GNUBOARD_')) exit; // 개별 페이지 접근 불가

// add_stylesheet('css 구문', 출력순서); 숫자가 작을 수록 먼저 출력됨
add_stylesheet('<link rel="stylesheet" href="'.$member_skin_url.'/style.css">', 0);
?>

<!-- 스크랩 목록 시작 { -->
<div id="scrap" class="new_win">
    <h1 id="win_title"><i class="fa fa-thumb-tack" aria-hidden="true"></i> <?php echo $g5['title'] ?></h1>

    <div class="list_01 new_win_con">
        <ul>
            <?php for ($i=0; $i<count($list); $i++) {  ?>
            <li>
                <a href="<?php echo $list[$i]['opener_href_wr_id'] ?>" class="scrap_tit" target="_blank" onclick="opener.document.location.href='<?php echo $list[$i]['opener_href_wr_id'] ?>'; return false;"><?php echo $list[$i]['subject'] ?></a>
                <a href="<?php echo $list[$i]['opener_href'] ?>" class="scrap_cate" target="_blank" onclick="opener.document.location.href='<?php echo $list[$i]['opener_href'] ?>'; return false;"><?php echo $list[$i]['bo_subject'] ?></a>
                <span class="scrap_datetime"><i class="fa fa-clock-o" aria-hidden="true"></i> <?php echo $list[$i]['ms_datetime'] ?></span>
                <a href="<?php echo $list[$i]['del_href'];  ?>" onclick="del(this.href); return false;" class="scrap_del"><i class="fa fa-times-circle" aria-hidden="true"></i><span class="sound_only">삭제</span></a>
            </li>
            <?php }  ?>

            <?php if ($i == 0) echo "<li class=\"empty_li\">자료가 없습니다.</li>";  ?>
        </ul>
    </div>

    <?php echo get_paging($config['cf_write_pages'], $page, $total_page, "?$qstr&amp;page="); ?>

    <div class="win_btn">
        <button type="button" onclick="window.close();" class="btn_close">창닫기</button>
    </div>
</div>
<!-- } 스크랩 목록 끝 -->

해당 창에 출력되는 소스 전부입니다.
일단 이거 올려드리고, 말씀하신대로 하나씩 지워보겠습니다.

지워보니까

<?php echo $list[$i]['bo_subject'] ?>

이 부분이 메뉴1, 메뉴2를 출력하는 부분이더라구요, subject라서 글제목 추출하는 부분인줄 알았는데 아니었나 봅니다.

근데 이걸 어떻게 바꿔줘야 제대로 된 메뉴명이 출력되는지 모르겠네요...