head.php에 있는 wrapper부분을 메인페이지에서만 쓰고싶습니다.

기존의 head, tail 파일을 복사해서 다른이름으로 추가하고 index 전용으로 사용하세요.
예를 들어 이렇게..
head_main.php
tail_main.php

그리고 index.php 파일에서

include_once(G5_PATH.'/head.php');
include_once(G5_PATH.'/tail.php');
위 코드를 새로 추가한 파일로 수정.
include_once(G5_PATH.'/head_main.php');
include_once(G5_PATH.'/tail_main.php');

원래 있던 head.php, tail.php 파일에서는 원하는대로 wrapper 부분 삭제하시고..

다른방법으로는 이렇게 처리할 수도 있습니다.

<?php if(defined('_INDEX_')) { ?>
index 페이지에서만 출력되는 내용
<?php } ?>