회원가입시 이미 사용중인 회원 아이디입니다.

음. 오류라기 보다는 분기 처리하는 단계에서 정보의 전달 또는 처리과정에서 진행하는 루틴인것인데...아래를 확인해보세요.

1. 결과 페이지로 리다이렉션 -> 정상으로 회원가입이 완료된 상태
2. 이미 사용중인 회원 Alert(DB에 삽입) -> 아이디가 또는 기타 회원정보가 중복되는 부분이 있는지 확인이 필요(이 경우 유효성 검사를 추가하거나 회원가입 입력란에 입력한 정보를 서버에 삽입된 데이터들과 비교분석을 하여야 합니다.)
3. 메인페이지로 리다이렉션(DB에 삽입) -> 분기처리되는 로직을 확인(어떠한 처리 상태에서 메인페이지로 가는지 확인이 필요합니다.)

index.php, common.php, head.php, head_sub.php(필요할 경우) 공통 관련 파일과 register_form_update.php result 처리 결과 파일을 분석하셔야 합니다.

사용자가 전송 버튼을 두번 눌리거나 한거 아닐까요? 그래서 등록 된 후 한번더 클릭한걸로 인식했을수도요. 질문만 가지고는 정확하게 알기는 힘듭니다.

커스텀이 되지 않은 상태라면,

2. 일정확률로 이미 사용중인 회원 아이디입니다. 라고 뜸(쿼리에 정상등록은됨) <= 이 메세지가 떴을 때 DB에 정상 등록되는 일이 일어나서는 안됩니다.

커스텀 된 내용을 바탕으로 디버깅을 해봐야 할 듯 합니다.

https://github.com/gnuboard/gnuboard5/blob/master/bbs/register_form_update.php#L124

부근에서 디버깅이 필요할것 같습니다.