5.5.16 에서 5.6.43로 업데이트하면 홈페이지에 많은 영향을 미칠까요?

그누보드 버전보다 php 버전을 업데이트 하셔야 합니다.
php 취약점 이기 때문에..

PHP 계열   취약점 수정 공식 버전
PHP 8.2 → 8.2.35
PHP 8.3 → 8.3.36
PHP 8.4 → 8.4.27
PHP 8.5 → 8.5.12

오른쪽 버전이 각 버전별 취약점이 패치된 버전입니다.
만약 7x 나 하위버전을 쓰시고 있고 php버전 패치가 불가능하신 상태라면
우분투 os 패치로 어느정도 해결하실수 있습니다.

5.5.16 에서 5.6.43 으로 이전하는데는 큰 무리는 없을 것 같습니다. 다만 이번에 밝혀진 보안문제도 해결하고 향후에도 안정적으로 운영하시려면 PHP 최신 안정버전으로 업그레이드하셔야 합니다. 안전한 버전은 

• PHP 8.5.12 이상

• PHP 8.4.27 이상

• PHP 8.3.36 이상

• PHP 8.2.35 이상

입니다.

참고: https://www.boho.or.kr/kr/bbs/view.do?bbsId=B0000133&pageIndex=1&nttId=72230&menuNo=205020

홈페이지를 공개하지 않아도 수정 파일부터 구분하면 영향 범위를 좁힐 수 있습니다.

공식 5.5.16→5.6.43 비교에서 bbs/list.php의 공지·검색 조회와 정렬필드 검증이 변경됐습니다. 게시판 커스텀 때 이 파일까지 수정했다면 CSS만 확인해서는 부족합니다.
https://github.com/gnuboard/gnuboard5/compare/v5.5.16...v5.6.43

① 관리자에서 해당 게시판의 PC·모바일 스킨명을 확인합니다. 일반 스킨은 skin/board/ 및 mobile/skin/board/, 테마 스킨은 theme/테마명/ 아래에 있습니다.
② ‘5.5.16 공식 원본↔현재 운영본의 복사본’을 비교해 커스텀 후보 파일을 찾습니다.
③ 그 파일의 ‘5.5.16↔5.6.43’ 변경과 겹치는 부분을 병합합니다. 옛 bbs/·lib/ 전체를 되돌리면 새 수정도 사라집니다.

두 버전의 get_skin_path() 경로 선택 코드는 같지만, 이것이 디자인 호환성을 보장하지는 않습니다.
https://github.com/gnuboard/gnuboard5/blob/v5.6.43/lib/common.lib.php

AI 보조로 공식 코드를 확인한 내용이며 질문자 서버·커스텀 파일은 테스트하지 않았습니다.
 

직접 해보지 않은 이상 100% 없다 장담은 드릴 수 없죠.
그러니, 현재 상태 백업해두고 저질러 보세요.
버전 차이 얼마 안 나니 큰 문제는 없을 듯 보입니다.
틀어져도 선택자 우선순위 높여주면 해결될 듯.....

이번 php 보안이슈 3건은 그누와 무관한 php 언어 자체의 문제라 서버 설정을 변경하셔야 합니다. 챗지피티, 클로등 같은 ai에 그누 공지글 주소 적고 상담해보세요. 

디자인에서 크게 틀어질건 없을거 같습니다. 대신 그누 버전업 뿐만 아니라 php 버전도 높이셔야 하는거면 따로 서버 세팅해두고 테스트 후 이전 하는걸 추천드립니다.