rm -rf gnu3 안되나요? rf 는 묻지도 따지지도 말고 싹 지우라는 명령입니다.
혹여나 서버생성 폴더의 경우 간혹 삭제가 안되는 경우가 있습니다.
ls -l 로 wrx 로 되있는지 확인해보시고 안되었다면 chomd 로 퍼미션을 변경해보세요
이래도 안되면 서버관리자에게 부탁을 드리는게 빠릅니다.

del.php
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<?
exec("rm -rf directory");
?>
-----------------------
전 이렇게 파일로 해서 실행 시키니 삭제 되던데 다른 분은 어떤지 모르겠네요.

보통 rm -rf gnu3 하면 제대로 될텐뎅..

rm -rf 의 경우는 일반 유저의 권한일때는 nobody 내지 apache 로 설정된 (즉 웹상에서 생성한 경로나 화일은 지워지지 않습니다... )

루트 권한을 가지고 작업할때 지워지게 되는거죠 -_-;;

일단 개가죽님의 말씀 처럼 권한 문제일 수도 있고 권한을 바꾸셔서 해보시고 안되시면 거의 바보천사님 의 방법으로 실행하시는것이 맞습니다.

만약 저걸로 안되게끔 스태키 속성이라던지 링크 속성으로 된 경우라면 서버 관리자에게 요청 하는것이 빠를듯 하구요...