코드는 보지 않았고 글에 넣어두신 예제만 봤는데,
혹시 설치되고 사용하지 않는 스킨의 경우 css/js 를 포함하지 않도록 되어 있나요? ^^

html 특성상 없는 파일은 무시하고 넘어가게 되어있어서 ㅎ

설치해놓은 스킨 들 중, 관리자 화면에서 선택된 스킨들만 포함하도록 하는 방법은 어떨까요?
물론 해당 쿼리를 한번 돌려야 해서 느려질 수 있긴 하겠네요..
그리고, 화일 이름을, 굳이 정해놔야 할까요?
그냥 (사용하는) 스킨 폴더의 모든 css와 js 화일을 다 포함하게 하면
(특히) js 화일을 구분해서 재활용하는 분들에게 도움이 될것 같은데..

혹시 시간이 되시면, 나린위키의 css, js 관리 부분을 한번 들여다 보셔도 도움이 되실것 같습니다.
기본적으로 (사용하는) 모든 css,js를 모아서 minify하고,
cache expire 시간까지 정해놓는 방식을 하고 있어서
html 쿼리 횟수도 단축되기도 하고요.

좋은의견 감사합니다~ 개선해보도록하겟습니다.