디비에 저장된 싸이월드주소를 어디서 불러와서 링크가 걸리는 건지요?
gblayer.php 에서 "+homepage+" 여기서 디비에 저장된 홈페이지 주소를 불러오는 것 같은데 어디서 불러오는 건지 모르겠네요..

레이어에서 싸이월드를 클릭하면 http://www.jcmedia.net/gnu/1로 나오는데요?

두번째는 /bbs/gblayer.php 안에 수정해야할 부분
function gblayer(layername, id, name, email, homepage, profile, dir) // 수정 전

function gblayer(layername, id, name, email, homepage, cyworld, profile, dir) // 수정후

그리고 아래부분
if (email) {
body += "<tr onmouseover=this.style.backgroundColor='#ffffff' onmouseout=this.style.backgroundColor='#F5F3EE' onmousedown=\"window.open('<?="./?doc=bbs/formmail.php&mb_id="?>"+id+"&name="+name+"&email="+email+"', 'formmail', 'left=50,top=50,width=530,height=360,scrollbars=1');\"><td height=20> <img src='image/icon_mail.gif' align=absmiddle> 메일보내기  </td></tr>";
height += 20;
}

if (cyworld) {
body += "<tr onmouseover=this.style.backgroundColor='#ffffff' onmouseout=this.style.backgroundColor='#F5F3EE' onmousedown=\"window.open('"+cyworld+"');\"><td height=20> <img src='image/icon_home.gif' align=absmiddle> 싸이월드  </td></tr>";
height += 20;
}


if (homepage) {
body += "<tr onmouseover=this.style.backgroundColor='#ffffff' onmouseout=this.style.backgroundColor='#F5F3EE' onmousedown=\"window.open('"+homepage+"');\"><td height=20> <img src='image/icon_home.gif' align=absmiddle> 홈페이지  </td></tr>";
height += 20;
}

저런씩으로 출력순서에 맞게 끔 if (cyworld) { 이 부분을 추가해주시면 완료됩니다.
단 mb_cyworld변수 싸이월드주소가 http://cyworld.nate.com/main2/계정명 으로 안되어있고
계정명으로만 되어 있다면 앞에 앞에 http://cyworld.nate.com/main2/를 추가해주셔야겠죠! *^^*

먼저 /lib/gnuboard.lib.php안에
아래 함수를 수정하셔야합니다.
function gblayer($mb_id, $name='', $email='', $homepage='', $open=0) // 수정 전
function gblayer($mb_id, $name='', $email='', $homepage='', $mb_cyworld='', $open=0) // 수정 후

$str .= "<script language='JavaScript'>gblayer('gblayer{$layerno}', '{$mb_id}', '{$name}', '{$email}', '{$homepage}', '{$profile}', './bbs');</script>"; //수정전

$str .= "<script language='JavaScript'>gblayer('gblayer{$layerno}', '{$mb_id}', '{$name}', '{$email}', '{$homepage}', '{$mb_cyworld}', '{$profile}', './bbs');</script>"; // 수정 후

먼저 저걸 수정해주시고

음...간단하게는 설명안되고....잠시만 기다려주세요! 소스잠깐만 보고 답변해드리겠습니다.