당연히 다른 계정도 자신이 고칠 수 있다는 가정에서 한 답인데요.. 아파치 까지 가지 않더라도 707 정도로 퍼미션을 주면 충분히 가능한데요?
a 계정고 b 계정이 있고, b 계정의 디렉토리를 사용하고 싶을때.. (결국은 gnu3/bbs/data/file 폴더 말고 다른 폴더를 사용하는 것과 같다고 생각하시면 됩니다.)
a 계정은 /home/a/www/gnu3 에 보드가 있고, b 계정은 /home/b 이고, /home/b/data/file 디렉토리를 사용하시고 싶으시다면, home/b/data/file 디렉토리의 퍼미션을 707 정도로 해주시고, 위의 3가지 파일에서 './data/file' 이라고 된 부분을 '/home/b/data/file' 로 수정해 주시면 됩니다..

지금 제작 의뢰가 들어온 사이트 서버가 cgi만 된다고 합니다. 같은 리눅스면 php도 되는것으로 알고있는데요. 그쪽 담당자꼐서 php가 안되니 오직 cgi만 된다하여서 그래서 다른 php계정에다가 그누보드 설치하구 cgi서버에는 데이터 전용으로 사용할려고 그랬습니다. 지금 자료의 대부분이 사진과 동영상파일입니다. 그래서 cgi서버쪽에 용량이 들리는 소리에 300기가라는 소리가 있습니다. 어떻게 방법이 없을까요?

어렵다고 봅니다. 먼저 data는 아파치에서 nobody 권한으로 파일을 올립니다.
하지만 다른계정의 nobody의 권한까지 다른계정에서 확보 할수 없습니다.
다른계정에서 확보 할려면 아파치 및 여러 부분을 서버에서 수정해주어야 하는데 보안부분에 크게 문제가 발생합니다.
어렵다고 봅니다. 그누보드의 파일 수정부분의 문제가 아닌 서버의 보안관련으로 인해 않된다고 보셔야 합니다..

변경해야할 부분은 현재 3군데로 보입니다.
bbs/gbupdate.php
bbs/gbview.php
bbs/gbdownload.php

이 파일을 여시고.. './data/file' 부분을 원하시는 위치로 변경해주시면 될 듯 합니다. 물론 사용자 계정이 틀려지는 만큼 퍼미션 조정은 해 주셔야 겠고요..

불가능 하진 않겠지만... 일찌감치 포기 하세요.

답변 잘 안 올라 올겁니다. 느낌상. ^^;;