웹로그와 ftp로그를 살펴보세요.
실제로 파일들이 생성된 날짜를 기준으로 웹과 ftp 로그를 분석해서 어느쪽으로 파일들이 삽입이 되었는지 확인을 하시면 조치하시는데 도움이 되실껍니다.

그누보드 패치는 다하시구요.

우선 컴퓨터에 있는 바이러스 프로그램을 바꾸어 보세요. 저는 개인적으로 외국 바이러스 프로그램을 쓰고 있습니다. 국산을 아직 못잡아내는 것이 많이 있습니다.

그리고 ftp계정 암호를 수정하시고, 알FTP나 나모 등에 FTP접속 암호를 저장하지 마세요.

이런경우 대부분 컴퓨터에 저장되어 있는 FTP정보를 가져가서 접속하는 것입니다.

웹 쪽으로 중요한 업무를 보고 계시다면, 윈도우 정품으로 바꾸시고, 바이러스 프로그램 바꾸시고, FTP암호를 절대 컴퓨터에 남겨 놓지 마세요.

바다사나이님 말씀이 맞는것 같습니다. 저도 원글님과 같은 상황이거든요.....화일 찾아서 다 삭제하고 비법 바꾸고 내 컴 백신으로 네이버, V3, 다음등으로 스캔해서 잡을건 다 잡아 놓고 한숨 돌리고 그담날 ftp로 접속해 보니......이 넘들이 또 화일들을 심어 놨네요.....일단 삭제는 했는데 삭제하고 돌아서면 또올리고...슬슬 짜증이나서 원인을 곰곰히 생각해봤더니 드림위버로 ftp 접속하는데 그 정보를 채가는거 같습니다. 일단 그림위버 삭제하고 다른 컴터에서 FTP 비번 변경해 놓았습니다....어찌 되는지 보고 다시 댓글 달겠습니다..