그누보드에서 비밀글일 경우 wr_option 필드에 'secret' 이라고 등록됩니다.
그러므로 최신글 추출하는 sql문에 위의 필드값이 secret가 아닌것을 뽑으라고 하면 되죠.
lib 폴더에 latest.lib.php 22번줄에 보시면,
$sql = " select * from $tmp_write_table where wr_is_comment = 0 order by wr_num limit 0, $rows ";
이렇게 되어 있습니다.
여기에 위의 조건을 추가하면
$sql = " select * from $tmp_write_table where wr_is_comment = 0 and wr_option != 'secret' order by wr_num limit 0, $rows ";
이렇게 되죠.

정리하자면,
lib > latest.lib.php 파일을 여셔서 22번줄을
$sql = " select * from $tmp_write_table where wr_is_comment = 0 and wr_option != 'secret' order by wr_num limit 0, $rows ";로 바꾸시면 될거에요.

참.. 이렇게 하면 최신글 뽑아내는 함수를 사용하는 모든 테이블에서 비밀글은 출력이 되지 않습니다.
만약 특정 게시판의 비밀 게시글만 최신글에서 출력이 안되도록 하시려면

latest.lib.php에서 functio latest() 함수부분을 통째로 그 아래에 복사하시고 function latest2() 등으로 함수명을 바꾸신 후 index.php에 적용하실 때는 <?=latest2("스킨명","게시판명",5,60)?> 등으로 사용하시면 되구요.