일단 플래시 wmode 프로퍼티를 설정해줘야 해요. wmode 기본값은 window로 flash가 항상 앞에 오게 됩니다. 그 뒤에 z-index와 같은 설정이 제대로 적용됩니다.

object를 이용해 삽입했다면
<param name="wmode" value="opaque"> 또는
<param name="wmode" value="transparent"> 를 추가하면 되고요.

embed라면 wmode="opaque" 같이 넣으면 됩니다.

opaque 나 transparent 모두 위에 레이어를 올릴 수 있는데, 단 opaque는 flash 아래의 것을 가립니다.