phpmyadmin 에서 직접 삭제해보시고 그래도 안된다면 쿼리문으로 삭제를 해보시면 될겁니다.
글번호가 -1 이런식으로 나오는건 다른홈페이지에서 글을 작성하면서 index 값을 설정안해줘서 임의로 들어가다 보면 마이너스값이 나옵니다

게시판설정에서 카운트 조정해주세요.

한가지 덧붙여드리면 그누보드 최근버전들은 게시판관리에 들어가면 게시판기본설정에 카운트조정 이라는 항목이 있습니다.
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게시판 목록에서 글의 번호가 맞지 않을 경우에 체크하십시오.

이렇게 되있는 부분 체크하시고 확인 누르시면 마이너스 글번호가 원래대로 다 정리가 되니 그 기능을 이용후에 그냥 지우셔도 지워지실겁니다.