디렉토리를 어떻게 해야 하는게 가장 좋을까요?

1.그냥 한디렉토리에 몰아서 넣되 구분하기 좋은 파일명으로 저장한다...
2.폴더를 각각 만들고...그안에 같은 파일명을 넣는다..

2번이 관리하기에도 좋고 보기에도 좋을것 같은데...
2번으로할겨우 현재 그누보드폴더안에 head. tail 여러파일은 어떻게 구분하고 놓아야 할까요?