lib/latest.lib.php(22라인) 의
select * from $tmp_write_table where wr_is_comment = 0 order by wr_num limit 0, $rows
쿼리가 DB기능에 따라 간혹 원글보다 답글이 먼저 상위에 올라오는 경우가 있습니다.

이를 아래같이 변경하면 정렬이 잘되네요.
select * from $tmp_write_table where wr_is_comment = 0 order by wr_num, wr_reply limit 0, $rows