우선 root에 있는 head.sub.php 파일을 복사하여 다른 이름으로 저장합니다.  head2.sub.php

메인에 적용된 head.php 에는 head.sub.php를 인클루드하고,

서브에 적용될 head.php에는 head2.sub.php를 적용합니다. 

head.sub.php 와 head2.sub.php 를 각자의 홈페이지에 맞게 수정하여 줍니다.

저의 경우는 style.css를 메인과 서브에 맞게 수정하여 별도로 링크하여 사용합니다.