숨은 1px는 h2의 스타일때문이였습니다(자답)
증상은 첨부 스크린샷 참조하시고요 팁게에 올릴 정도 아니여서 여기올립니다 ㄷㄷ

#gnb h2 {margin:0;padding:0;width:1px;height:1px;font-size:0;line-height:0;overflow:hidden}

해당 스타일에 position:absolute; 선언후 위치를 top:-999em, left:-999em 등 화면에서 가까운곳으로 날려(?)버리시면 되실듯합니다 ㄷ

.gnb_js .gnb_sub_ul {position:absolute;top:35px;width:1px;height:1px;overflow:hidden}
위소스도 비슷한 증상이 일어날겁니다. 해결 방법도 비슷합니다
주변색과 같은색으로 font-color를 주셔도 되고,
이미지bg를 사용하신다면 z-index:-1;을 해주셔도 됩니다 ㄷ

추신)
스타일 선언 방식의 차이에서 발생하는 문제로 이해하시고 오해 없어시길 바랍니다.