Beyond Compare, WinMerge, DiffMerge 등의 파일 비교 프로그램을 사용하십시오.

Terrorboy님의 댓글도 참고하세요.

수많은 파일을 일일이 merge 할수도 없지 않을까요?

몇번 해보면 그리 어렵지않고 시간도 그리 많이 걸리지 않습니다.
폴더 비교를 해서 일괄로 동일하지않은 파일들만 찾아낼 수 있습니다.

관리자님이 추가했거나 변경했다고 공지한 파일들만 살펴보거나
Terrorboy님이 풀어놓은 글을 참고하는 방법이 더 편할 수도 있겠지요.

본인이 수정한 부분들은...
변경한 파일의 이름과 내용의 목록을 따로 기록해두거나
해당 파일내에 주석으로 표기해두는 방법도 있습니다.