네임서버에서 서브도메인을 많이 사용할 경우 zone 파일을 따로 생성해서 인쿠루드 해서 사용가능하더군요.

서브도메인의 저장위치가 /var/named/zone/subdomain.zone 에 위치했다고 가정한다면

maindomain.zone
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$TTL 86400
@ ~~~~~~
.
.
.
~~~
www IN A 123.45.67.89
$include "/var/named/zone/subdomain.zone"

-----------------------------------------------------------------------

subdomain.zone 파일에는
sub1 IN A 123.456.67.98
~~~~