저같은 경우 중복파일이 말씀하신대로 하위의 임의폴더 1109316205와 같은 곳에 저장이 되어있더군요.
변환후, 그누보드의 "data/file/게시판/" 폴더에 1109316205에 있던 파일을 올려놓으니 그대로 출력이 됩니다.
즉 그누보드 "data/file/게시판/1109316205"에 올린 것이 아니라 "data/file/게시판"에 올리버리면 되더군요.
그런데 상위 및 하위에 동일 이름의 파일인 경우에는 잘 모르겠군요.

답변 감사합니다.
중복파일 때문에 저도 고민하다가 질문을 드렸습니다.
제가 좀 다르게 수정한걸 팁엔 테크에 올렸습니다.  보시고 의견 주시면 좋겠습니다.

ixia 님의 방법은 완벽하지는 않더군요

실제 해보면 다른 파일이 업로드 되는 경우가 있습니다.

그누보드는 업로드되는 파일의 파일명과 실제 저장되되는 파일의 파일명이 다르더군요

이부분에 제로보드는 걍 이름만 DB에 입력되기 때문입니다.

그래서 그누보드의 실제 저장되는 파일의 파일명 앞에 제로보드의 숫자로된 디렉토리를 넣어주게끔하면 갈끔하게 해결되더군요

다음은 그누보드의 업로드 파일에 대한 정보가 기록되는 테이블의 일부입니다.
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bf_source(업로드파일명)        | bf_file(실제 저장된 파일명)

midanjr_1.jpg                      | 563429918_a4764f1f_midanjr_1.jpg    그누보드에서 업로드시
IMG_0006.JPG                      | IMG_0006.JPG                                        기존제로보드컨버트
IMG_0005.JPG                      | 1099982868/IMG_0005.JPG                    수정된컨버트
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코드 남기겠습니다.

zb4_board_update.php (대략 150 라인정도 위치에 있습니다.)
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    for ($k=0; $k<2; $k++)
    {
        $m = $k+1;
        if ($row["s_file_name{$m}"]) {
            $sql3 = " insert into $g4[board_file_table]
                        set bo_table = '$dst',
                            wr_id = '$id',
                            bf_no = '$k',
                            bf_source = '".addslashes($row["s_file_name{$m}"])."',
                            bf_file = '".substr(addslashes($row["file_name{$m}"]),strpos(addslashes($row["file_name{$m}"]),"/",5)+1)."',
                            bf_download = '".$row["download{$m}"]."' ";

sql_query($sql3);
        }
    }
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제로보드의 같은 디비를 사용하시고
그누보드에서 제로보드의 데이터를 옮길 게시판을 임의로 만드셔야 합니다.