이미  航海 님 께서는 많은 것을 알고 계시고
겸손함이 완벽함을 추고 하시고져..
유비무환? 이시라 사료 됩니다만..^^
많으신 그누 고수님들 께서 답변을 주시리라..^^

제가 이해력이 떨어지는건지 어떤 오류가 난다는 건지 이해가 잘 안되서요.
include 가 안된다는 것인지? 아니면 헤더가 오류난다는 것인지

오류가 나는 부분을 좀더 오픈해주시면 답변이 가능할꺼같다는 생각이 드네요.^^

저도 현재 개인 사이트를 오누리님의 빌더를 참고해서
템플릿을 통한 레이아웃 변경 시스템을 만들었습니다.

항해님도 오누리빌더를 참고 하셨다고 하니 제 경우를 참고로 말씀드릴게요.
(그누XE 빌더도 오누리빌더와 방식은 거의 흡사합니다.)

1. 먼저 디비를 생성해야 합니다.템플릿 값을 저장해야 하니까요.
전 cf_template_skin 이라는 필드[varchar (255)]를 g4_config에 추가 했습니다.

2. 그 다음 관리자가 템플릿을 설정해줘야 하므로..관리자 페이지의
config_form.php 파일에 다음과 같이 추가 해줬습니다.

<th>템플릿 스킨</th>
<td><select id="cf_template_skin" name="cf_template_skin" required itemname="템플릿 스킨">
<?
$arr = get_skin_dir("template");
for ($i=0; $i<count($arr); $i++) {
echo "<option value='$arr[$i]'>$arr[$i]</option>\n";
}
?></select>
<script type="text/javascript"> document.getElementById("cf_template_skin").value="<?=$config[cf_template_skin]?>";</script></td>
</tr>

$arr = get_skin_dir("template"); 라인에서 알 수 있다 시피 /skin/template/ 에 템플릿 스킨 파일을 위치시킨것을 알 수 있을 겁니다.
또한 이 부분은 따로 페이지를 만들어도 되고 저처럼 그냥 기존의 config_form 에 넣어도 됩니다.

3. config_form_update.php에 추가
cf_template_skin          = '$_POST[cf_template_skin]',

여기까지 하면 일단 관리자가 정한 템플릿 값을 디비에 저장하는데 성공 할 것입니다.

4. /extend/ 디렉토리에 원하는 이름으로 (예:builder.php) 아래와 같은 내용을 넣어서 파일을 하나 만들어 주세요.

<?
$template_skin_path = "$g4[path]/skin/template/$config[cf_template_skin]";
?>

5. 기존의 head.php 파일의 모든 내용은 /skin/template/스킨명/head.php 에 넣으시고
아래처럼 대체 하십시요.

<?
if (!defined("_GNUBOARD_")) exit; // 개별 페이지 접근 불가
include_once("$g4[path]/head.sub.php");
include_once("$g4[path]/lib/latest.lib.php");
include_once("$g4[path]/lib/visit.lib.php");
include_once("$g4[path]/lib/outlogin.lib.php");
include_once("$template_skin_path/head.php"); // 템플릿에 있는 헤드를 불러오라는 얘기입니다.
?>

6.tail.php 파일의 내용도 head.php와 같은 방식으로 템플릿쪽으로 넘겨주면 됩니다.

전 위의 방법으로 템플릿형태를 구성했고 현재까지 잘돌아갑니다.