스킨으로는 어려울듯 하구요 원본을 수정하여야 할것 같습니다.
우선 여분필드에 다운가능한 레벨을 입력 하신후
다운로드를 클릭하면 bbs/download.php 해당 게시물 여분필드에 있는 권한을 넘겨줘야 할듯 하구요.

예를들어 여분필드 wr_1 에 입력하였다면
bbs/download.php 의 19행쯤에

if ($member[mb_level] < $board[bo_download_level]) {
    $alert_msg = "다운로드 권한이 없습니다.";
............. 이 있는데

이코드위에 $board[bo_download_level] 의 레벨을 변경해버리면 될듯 합니다.
아래와 같이요

$sql = " wr_1 from $write_table where wr_id = '$wr_id' "; // 해당게시물의 권한을 구한다
$file_level = sql_fetch($sql);

if($file_level)  $board[bo_download_level] = $file_level[wr_1]; // 만약 권한설정이 있으면 그누보드 기본 권한설정 대신에 이 권한을 사용한다.

다른 방법이 있을까요?

뷰페이지에서나 리스트 페이지에서 관리자가 선택한 게시물을 wr_1에 레벨을 등록하도록 프로그래밍 하는 것이 가능한가요?
이게 된다면
스킨 폴더에 download.head.skin.php 만들고 아래 코드를 넣으면 됩니다
<?
if($write[wr_1]) $board[bo_download_level] = $write[wr_1];
?>