bbs/write_comment_update.php
파일을 수정해 주시면 됩니다.

// 포인트 부여
insert_point($member[mb_id], $board[bo_comment_point], "$board[bo_subject] {$wr_id}-{$comment_id} 코멘트쓰기", $bo_table, $comment_id, '코멘트');

이부분을

// 포인트 부여
$point_range = @sql_query("SELECT wr_id FROM `$write_table` WHERE `wr_is_comment` =0 ORDER BY `$write_table`.`wr_id` DESC LIMIT 0 , $board[bo_page_rows]");
if($wr_id>=@mysql_result($point_range,$board[bo_page_rows]-1))
    insert_point($member[mb_id], $board[bo_comment_point], "$board[bo_subject] {$wr_id}-{$comment_id} 코멘트쓰기", $bo_table, $comment_id, '코멘트');

이렇게 수정해주시면 (빨간색 조건문 추가)
게시판의 첫번째 페이지에 있는 코멘트에만 포인트를 지급합니다.
몇년 지난 게시물에 댓글을 달아 포인트를 취득하시는 분이 계시더라구요 ^^;;