영카트5 데모사이트 http://demo.sir.co.kr/gnuboard5/shop/ 에서 테스트를 해봤지만 이상이 없습니다.
수정하신 부분이 있으시다면 원본 코드로 복원하신 후 다시 테스트해보시기 바랍니다.

아.. 저희쪽에 문제도 있었네요. 그리고 설정이 좀 달라요.
저희 설정에는. 루트 index 사용을 사용으로 되어있습니다.

오픈이후에 디스크공간이 부족으로 오류가 났었습니다. 그래서 텔넷으로 붙어 직접 수정하여 복구를 했는데.
작업 중에 실수로 shop/index.php 은 0 byte가 되었고, 루트 /index.php 를 shop/index.php 파일로 복구한 것 같습니다.

루트 index 사용을 체크한 상태에서 위 상태이면 http://도메인/ 으로 접속하면 빈화면이 보여할 것 같은데... 정상적으로 보입니다.
테스트를 해보니 각각의 index 파일을 열고 있습니다. 쇼핑몰 기타 설정의 루트index사용은 루트의 index.php를 사용하지 않겠다는 의미가 아닌가요?
뭔가 제가 놓친 부분이 있을까요? 제 기억에도 루트의 인덱스 페이지는 사용되지 않았거든요.

루트 index 사용은 그런 설정이 아닙니다.
사용으로 설정하시면 http://도메인 을 접속시 커뮤니티 화면이 아닌 쇼핑몰 index 화면을 보여주는 기능입니다.