외부 네임서버를 사용하실 경우에는 별도의 제한이 없으니
==> 호스팅 업체의 네임서버를쓰지말고, 네임서버를 직접 구축하면 됩니다.
네임서버 구축은 별도의 서버호스팅을 하나 더 받아도 되고, 동일한 서버에 구축을 하셔도 됩니다.
보통 서버호스팅에 사용하는 리눅스에는 네임서버를 운영할수 있는 bind9가 기본으로 깔려서 나옵니다. 네임서버 설정만 할수 있으면 되는데, 이게 안해본사람에겐 좀 복잡합니다. 오류나면 왜 오류나는지 알기도 어렵구요.  네임서버 설정할수 있는 분께 유료로 의뢰하시면 될것 같습니다.
(가급적 웹에서 관리할수 있는 형태로 하시는게 좋습니다. bind9 말고 mysq을 쓰는 네임서버도 있으니, db를 만질줄 아시면 이걸 설치하세요.)

두번째 질문은, 호스팅 db는 모두 같고 나머지는 다른 디렉토리를 쓰시면 됩니다.
아파치 가상호스트 설정에서 별도의 디렉토리로 모두 설정하고,
dbconfig.php 의 정보를 동일하게 맞추면 됩니다.

질문에 모두 다 충족할 수 있는 답변은 아니겠지만,
호스팅은 별개로 하고,
서브도메인을 제한없이 쓸 수 있는 곳은 dnsever.com이라 생각합니다.
네임서버만 쓴다면 제한없이 무료로 써비스해주고 있습니다.
나머지 문제는 서버 호스팅을 이용하여야 할 것 같습니다.

서버호스팅을 이용하면 가상호스트를 제한없이 만들수 있고 관리할 수 있습니다.

만약에 네임서버까지 직접 구축하고 관리한다면 최상의 해결책이 되겠습니다.

제 경우 네임서버는 무지 골치아픈 부분입니다. 그런데 수호신같은 DnsEver.com 이 무료 써비스를 해주니 고맙게 잘 이용하고 있습니다.

저도 dnsever.com을 추천드리고 싶네요 도메인 몽땅 등록후 IP(A)에 호스팅 주소를 입력하신 후 접속해보세요 모든 도메인이 설정하신 호스팅으로 연결됩니다. 카페24알림글 처럼 외부네임서버를 사용할경우 갯수 제한이 없습니다^^