#cat > .htaccess
php_admin_flag engine off
#chmod 404 .htaccess

if($_FILES['upload_file']['name'][$i]){//if 1
$file=$_FILES['upload_file']['tmp_name'][$i];
$file_name=$_FILES['upload_file']['name'][$i];
$file_size=$_FILES['upload_file']['size'][$i];
$file_name_div=explode(".",$file_name);
$file_dot_check=$file_name_div[sizeof($file_name_div)-1];
if($file_size=="0") message("업로드".($i+1)."에 업로드하실 파일의 경로가 올바르지 않습니다.","-1");
if(preg_match("/.php$|.ph$|.php3$|.php4$|.jsp$|.asp$|.pl$|.js$|.html$|.htm$|.phtml$|.shtm$|.ztx$|.dot$|.cgi$|.inc$|.txt$|.exe$|.com$|.bat$/i", $_FILES['upload_file']['name'][$i]) || substr($_FILES['upload_file']['name'][$i],0,1)=='.'){
  message("업로드가 불가능한 파일(확장자)입니다.\\n\\n파일을 압축하여 업로드를 하시기 바랍니다.","-1");
}
}

구닥다리지만 잘 돌갑니다.

우선 정책을 정하셔야 될 것 같은데요.
업로드시 어떤 파일들만 허락할 것인지 용도가 무엇인지
따라서 제한을 해야 될 것 같습니다.
이미지만 업로드하는 게시판이 있을 수도 있고 문서파일만 업로드 할 수 있을 수도 있고
그리고 업로드 제한을 서버단에서 할 수도 있고 클라이언트 자바스크립트에서도 제어할 수도 있습니다.
이점 유의해서 작업을 하시면 될 것 같네요.