RT 사용하시는 것도 고려해보세요.
RT 램 설정이 4G 한계였는데 지금은 어떻게 변했는지 모르겠네요.
테이블 100개의 데이타크기 고려해서 진행해보세요.
네이버 중고나라 데이타를 실시간으로 그누보드로 서비스하면서 검색때문에 RT를 사용했었는데
속도도 좋구요. sphinx 재시작해도 파일형태로 유지되고 시작하면 다시 인덱싱 자동으로 올라오고
쓸만했어요.

indexer 섹션에 index 설정을 여러줄 넣을수 있어요.
그런데 그누보드 각 테이블마다 wr_id 가 동일함으로
document select 하는 설정에 테이블별로 wr_id + 아주큰값 을  넣어서 각 테이블별로 유니크한 document_id 가 생기도록 해주면 됩니다. (각 게시판 게시물별로 유니크 아이디를 만들어주는게 핵심임)

select wr_id + 100000 id, 'free' bo_table,  wr_id, ca_id, mb_id, wr_name, wr_subject, wr_content, wr_datetime, where wr_is_comment = 0

형태가 되겠네요.

이것말고도 몇가지 설정을 추가해야 증분색인됩니다.
sphix_counter 테이블도 만들어야 하구요.
그누보드 소스도 조금 수정해야 함..(게시물 삭제시 별도 테이블에 쌓아두고, sphinx 색인에서 빼는작업, killlist 일거임)

그리고, 게시물이 엄청 많은 상황이라면, 한개 테이블보다 여러 테이블로 분산되어 있는게 나을수도 있어요.