setTimeout()을 네이년에서 검색하시길...
window.onload = function()
{
    setTimeout(~~);
}

레이어 Layer2를 display:none으로 원하는 곳에 뿌려두시고요

tail.sub.php 파일이나 혹은 레이어가 출력되는 페이지에 별도로 아래와 같은 방식으로 하시면 됩니다.
별도로 코드를 특정파일에만 코딩하시는 것은 관리상 유실 위험이 있으니 저같으면 tail에 넣겠어요 ㅎ


<script>

  //diplay 제어 함수
  function set_display(){
      //레이어 OBJ담기
      Lay = document.getElementById('Layer2');
      //레이어 보이도록
      Lay.display = block;
  }

  function layer_view(){
      //레이어 OBJ담기
      Lay = document.getElementById('Layer2');
      //레이어가 있는지 확인
      if (Lay) {
        //3초 후 출력 함수 실행하기
        delay = 3000;
        window.setTimeout("set_display()",delay);
      }
  }

  //함수실행
  layer_view();
</script>

테스트는 안했구요 `ㅡ`
저런식으로 돌리면 되지 않을까요?

막코딩 하는 저한테 테스트를 바라시다뉘 ㅜㅜ
테스트랑 소스 코딩 했습니다 채택해죠용 ㅡ.ㅡ

<div id='Layer' style='background-color:red;display:none;'>테스트</div>

<script>

              //레이어 OBJ담기
              Lay = document.getElementById('Layer');

              //레이어가 있는지 확인
              if (Lay) {

                              //타이머 객체를 담을 변수
                              var timerId;

                              //diplay 제어 함수
                              function set_display(){

                                            //레이어 보이도록
                                            Lay.style.display = "block";

                                            //타이머 변수에 셋타임을 클리어
                                            clearTimeout(timerId);

                              }

                              //타이머 제어 함수
                              function layer_view(){

                                            //3초 후 출력 함수 실행하기  n*1000 초
                                            delay = 3000;

                                            //타이머 변수에 셋타임을 할당
                                            timerId = setTimeout("set_display()",delay);

                              }

                              //함수실행
                              layer_view();

              }

</script>

쪽지로 HTML 파일 테스트 한걸 보냈습니다.
레이어를 아무곳에나 뿌리고 display:none을 시켜주되 ID는 중복되지 않게 하십시오.

스크립트는 레이어보다 하단에 있으면 어디에 있든 동작이 될 것입니다.

보내드린 파일 div와 스크립트를 그대로 적용 해도 안된다면 그냥 레이어 바로 밑에 두고 해보십시오,

상단에 제가 등록해드린 소스를
그대로 복사해서 HTML로 만드시고 실행해보세요.