html 공부하셨으면 반이상 하신거라 생각하시면 됩니다.
저같은 경우 php 먼저 했는데 사실 html이 뭔지도 몰랐던 때라...
지금은 자바, 비주얼베이직, jsp asp다 비슷비슷해 보여서요.
물론 개발단계 들어가면 수요자 요구사항으로 머리좀 아플지 모르지만
내꺼 만드는 지식은 그렇게 웹표준 생각하면서 만들 필요는 없을듯 합니다.
php가 그래도 정리도 잘되있고 나을듯 싶네요. 쉽고...
안되면 왜안될까 하면서 부딫힐때가 실력이 젤많이 느는것 같습니다.^^

(좋은 뜻으로) 집요하게 배우시려는 모습이 참 보기 좋습니다. ^^

php는 웹서버에서 사용되는 (스크립트) 언어입니다.  주로 mysql과 같은 데이터베이스의 내용을 꺼내오고 정리하고 계산해서, 사용자가 요청한 내용을 만들어주는 역할을 합니다.
물론 사용자로부터 새로운 정보가 웹을 통해서 입력될때, 이를 다시 데이터베이스로 저장하는 역활도 하고요. (데이터베이스가 꼭 필요한 것은 아니지만, 뭔가 정보를 저장하려면 화일보다는 유용합니다.)

그런면에서, mysql에 대해서 이해하는 것도 좋을것 같습니다. mysql이 사용하는 sql 쿼리를 쭉 훑어보시는 정도로요.  물론 sql도 하나의 언어이기에 쉽지는 않지만, 다른 언어들에 비해서는 간단한 문법을 가지고 있으니까 무난하지 않을까 합니다.

js 또는 javascript 는 웹브라우져에서 작동하는 (스크립트) 언어입니다.  기본적으로 html은 정적인 (마크업) 문서이기에, 비즈니스 로직이나 동적인 부분이 필요하다면 js 등을 사용해야 합니다. 예를 들어, 입력된 문자열이 유효한 이메일인지 판단하는 것을, (웹서버에 가서 php가 판단할 수도 있지만) js 가 브라우져 상에서 판단할 수 있습니다.  또한 복잡한 동적인 메뉴나, 이미지 슬라이더 등도 많이들 js로 구현합니다.

jQuery는 js를 사용하기 편하게 만든 프레임워크 입니다. 그 자체도 js로 구현되어 있고요. 기존 js에서 몇십줄 작성해야 할 내용을 jQuery를 사용하면 한두줄이면 끝날때가 많습니다.

이들을 배우는 방법은, 책으로 하나부터 열까지 다 공부하는 방법과
예제를 가지고 부딪혀보면서 배우는 방법 중 자신에 맞는 방법을 선택하시면 될것 같습니다.

책이야 서점에 가면 아주 많이 있을테고요,
예제를 물으신다면, php는 그누보드를 뜯어보시면서 배우는 것도 괜찮을 것 같습니다.
js 나 css3, jquery 등은 웹 검색으로 예제를 찾아보시는 것이, 책보다는 더 나을 것 같고요..

다음번에는 보다 구체적인 질문으로 다시 뵙기를 바랄께요 ^^