공개키와 개인키는 사용자가 궂이 신경쓰지 않아도 되는 부분입니다.
다만 ssh는 공개키암호화 기법을 사용하는데 공개키암호화 기법은 SSH 가 아닌 SSL을 공부하셔야 합니다.

공개키와 개인키가 궁금하시다면 전문서적을 보시는것이 전체적인 개념을 잡으실 수 있으실 겁니다.

일단 리눅스와 리눅스 사이의 통신은 개인적으로 말씀하셨던 자동로그인 개념으로 사용을 하고 있긴 합니다만
리눅스와 윈도우 를 연결하는 클라이언트 프로그램은 자세히 옵션을 보지 않아서 모르겠지만
그냥 패스워드를 입력하고 사용하고 있습니다.
가급적 보안을 위해서는 자동로그인 보다는 필요할 때 암호를 입력하시고 로그인 하시는게 좋습니다.

SSL이라는 전체적인 공개키암호화 기법을 이해를 하셔야만 SSH에 대해서 빠른 이해가 되실것 같고
이것은 댓글로 다루기에는 터무니 없는 양이기 때문에 서점을 휩쓰시는것이 가장 빠르실 겁니다.

어차피 tcp-ip 의 윗단에서 움직이는 레이어들 사이의 암호화 기법이라고 볼때에
tcp - ip에 대한 전문서적에 내용이 다루어지고 있을 수 도 있을겁니다.