php.ini 에 output_buffering = Off를 output_buffering = 4096 와 같이 한다음에 아파치 리스타트 해보시고
속도 체크해보세요. 속도 변화가 없다면 40960정도 주고 리스타트 해보세요

그리고 첫페이지의 최신글 뽑는 부분을 HTML로 생성해서 include 하시고 이미지를 최대한 줄여주세요

그리고 썸네일 생성은 GD로 화면에 출력되는 크기로 줄이세요 테그로 줄이지 마세요

그리고 메모리는 2기가 정도면 적당할것 같습니다.

> 실시간리플이라는게 있습니다.

이놈 주석처리후 이전과 속도를 비교해보세요.
속도에 차이가 발생한다면 프로그램을 손보셔야 합니다.

글 다적었는데.... 맨 아래 쓰기 버튼이랑 해깔려서... 쓰기 버튼 누르고.. 내용 날린...... ㅠ_ㅠ

으.. 다시 적어야 하나... ㅜ.ㅡ
먼저 메모리에 대해서 정말 메모리가 딸리는지 확인해보셔야 할것 같습니다.
top 명령으로 전체 메모리와 남은메모리만 확인하신거라면 메모리가 모자란다고 판단하지 않으셔도 될것 같습니다.
버퍼와 캐시는 메모리를 늘리셔도 동일하게 일어날겁니다.
실제 사용메모리를 주목하시는것이 가장 현명합니다.
그리고 정말 메모리를 늘리셔야 한다면 스왑파일을 얼마나 사용하고 있는지를 확인해보세요.
스왑을 많이 사용한다면 그때 늘리셔도 됩니다.

제온 cup가 싱글이군요. 듀얼이라도 그 사용량이 많지 않으면 굳이 듀얼로 가실 필요는 없습니다.
듀얼이라는것은 속도가 두배가 되는것을 의미하는것이 절대 아닙니다.
오히려 cpu가 모자랄때 보조역할을 하거나 또는 안정성의 의미로 서버의 cpu를 해석하시는것이 좋습니다.
3D관련 작업자들을 알고 계신다면 아마 제말의 의미를 아실겁니다.
(하지만 실제로 사용량이 많은 서버들을 모니터링 하면 1cpu는 100% 2cpu는 몇% ~ 몇십%를 차지하는 경우도 많습니다.)

속도문제에 대해선 좀 생각을 해보셔야 할것 같습니다.이것은 회선을 증설여부를 말씀드리는것은 아닙니다.
현재 동접이 400명이라고 하셨는데 혹시 동접이 아니라 현재접속자를 말씀하시는것 아닌가요?
동접이 400명이라고 하면 초당 400명 그럼 2초면 800명..
서비스 거부공격이나 다름없죠. -_-; 실제로 동접이 400명이면 서버 증설하시고 로드밸런싱 하시고 투자받으시고 회사 때려치시고 그냥 대박사장자리에 앉으시면 됩니다. -_-

현재접속자 400명이라고한다면 충분히 버틸 수 있는 회선이라고 생각을 합니다.
실제로 꽤 크고 이름이 있는 호스팅 업체도 몇백메가의 회선밖에 사용을 하지 않습니다.
결과를 놓고 본다면 회선속도라는것은 대역폭을 의미하는것이므로 케이지 단위로 운연하는 호스팅 업체의 그것과 비교를 했을때
충분히 견딜 수 있지 않을까 합니다. ( 물론 경우에 따라서 틀린건 사실이지만요. )

HDD는 무엇인지 모르겠네요. 사타와 스카시는 속도차이가 많이 납니다.
혹자는 사타가 스카시의 속도와 거의 비슷해져간다라는 말을 하지만 그 처리방법상 스카시를 따라올 수 없고
이것이 HDD가 하나가 아닌 두개 이상의 병렬 연결일 경우에는 더 그 격차가 커집니다.

파티션은 어떻게 구성이 되어있으신가요?
그냥 자동으로 나눠지도록 설치시 잡으셨나요? 아니면 / 로 통째로?
아니면 파티션을 임의로 나누셨나요? 리눅스에서 파티션을 나눈다는것은 큰 의미를 가집니다.
또한 파티션의 순서를 정하는것도 큰 의미를 가지게 됩니다.
먼저 df로 실제 나눠진 파티션도 확인해보시는것이 좋을것 같습니다.

하지만 현재 글을 봐서는 실시간 리플이라는 놈을 더 의심해봐야 할것 같습니다.
서버의 사양이 좋아도 프로그램이 리소스를 많이 잡아먹거나 HDD 를 쉬지않고 굴리게 만들어져 있다면
"결국 사양만큼 더 버틴다" 가 되는것 이상도, 이하도 아니라고 봅니다.

top 명령으로 cpu사용량, 메모리 사용량등에 따른 프로그램을 확인해 보시는게 좋을것 같습니다.
이에 대한 옵션은 스스로 찾아보시.. ;;;

프로그램에 대해서는 모릅니다만 이러한 프로그램을 '프로그램이 무겁다' 라고 표현하는것이라 했을때
프로그램을 수정하시거나 고민하신 후 사용여부를 생각을 해보셔야 할것 같습니다.
쉬지도 않고 HDD를 돌려주는데 서버는 오죽힘들겠습니까.
위에서 말씀드린데로 사양만큼 더 버틴다의 상황이 되겠죠.
mysql 의 쿼리캐싱기능도 사용해 보셔서 처리속도가 얼마나 나는지 확인하시고 확연히 좋아진다면 역시 프로그램쪽을
고민해보셔야 할것입니다.

하지만 400명이 붙어있는데 끊임없이 질의를 한다는것 자체가 서버에 무리를 줄 수 밖에는 없어 보입니다.
80포트 리슨하다 응답해주랴, 쿼리 가져와서 다시 뿌려주랴..
DJ Doc의 노래처럼 "HDD도 돌고 나도 돌고 아~ 슬프다~"

일단 서버를 점검하시고 두번째로 프로그램에 대해 점검하시고 마지막으로 회선에 대한 고민이 필요한 질문같습니다.

근데 100mb 쉐어 3mb 보장에 17만원이면.. --;; 3,4 만원 더 내시고 데디코로케이션 넘어가시는게 낫겠네요;;
아니면 기가 쉐어망을 준다는 서버호스팅 업체도 많으니 참고하시구요.
root 님께서도 그런곳에서 호스팅을 받고 계시는것으로 알고 SIR역시 기가 쉐어망에서 서버호스팅을 받고있는것으로 알고 있습니다.

개인적으로는 데디 코로케이션을 선호하지만요. -_-a

다시 적었더니 내용도 줄고.. 다 적고 보니.. 몇 마디면 될것을.. --;;;;