답변을 제가 적습니다.  그누3에서 작업하던 방식으로 그누4를 접하게 되면 저와 같은 어려움을 겪을 수밖에 없겠더군요.. 제가 질문을 올리고 답변을 올립니다.

1. 그누4에서 상단과 하단의 파일 경로
  상단파일경로 :  ../head.php
  하단파일경로 :  ../tail.php

  이렇게 적어줘야 합니다. 그누4에서 게시판은 그누 루트/bbs 가 기준이 되는군요. 그래서 그누 index.php 파일이 위치한 디렉토리 안에 head.php 파일이 존재한다면 ../head.php 와 같이 해주어야 맞더군요..

  그림이 깨지는 것은 head.php 원본 파일을 보면 답이 있습니다.
  config.php 파일에 path 등의 함수가 모두 정의되어 있습니다. 그래서 이미지 파일의 경로를 적어주거나 php 파일이나 html 파일의 링크를 걸어줄 때도 아래와 같이 해주면 됩니다. 그러면 그림파일이 깨져서 안 보이는 일은 없어지는 거죠. 이 방식을 이해하고 적용해보시면 상당히 편리한 진보적인 방식이라는 것을 이해할 수 있게 될 겁니다.

  그림파일 경로 : img src="<?=$g4[path]?>/images/파일명">
  일반 파일링크 : <a href="<?=$g4[bbs_path]?>/board.php?bo_tabletest"> 

이렇게 경로 앞에 <?=$g4[path]?>이나 <?=$g4[bbs_path]?> 이렇게 적어주세요. 그러면 그림파일의 경로나 파일의 위치가 안 맞아서 골치 썩이는 일은 없어지게 됩니다.

2. 메뉴별 헤더 파일을 각각 적용한다..
    상단파일경로, 하단파일 경로에 메뉴별로 디자인된 헤더 파일 이름을 각각 입력해 주면 됩니다.
    게시판이 아닌 일반 파일의 경우에도 원본  index.php 파일의 구조와 같이 헤더 파일, 풋터 파일을 인클러드 시켜주면 될 것 같습니다. 자유롭게 필요한 디자인을 만들어서 헤더와 풋터로 저장을 해놓고, 인클러드 시켜주면 되겠죠..

그누4 를 사용하는 기초적인 방법인데 처음 접하시는 분들은 이런 원리를 모르면 저처럼 많이 헤매시게 될 겁니다. 그래서 도움이 될 것 같아 이렇게 메모를 남겨둡니다.