참없다(uyong)님이 해당 현상에 대해 제보해주셨습니다.
이 수정 내용은 다음 패치에 반영될 예정입니다. (현재 5.0b22)

* bbs/newwin.inc.php

<div id="hd_pops_<?php echo $nw['nw_id'] ?>" class="hd_pops" style="top:<?php echo $nw['nw_top']?>px;left:<?php echo $nw['nw_left']?>px;width:<?php echo $nw['nw_width'] ?>px;height:<?php echo $nw['nw_height'] ?>px">
    <div class="hd_pops_con">

를

<div id="hd_pops_<?php echo $nw['nw_id'] ?>" class="hd_pops" style="top:<?php echo $nw['nw_top']?>px;left:<?php echo $nw['nw_left']?>px">
    <div class="hd_pops_con" style="width:<?php echo $nw['nw_width'] ?>px;height:<?php echo $nw['nw_height'] ?>px">

로 수정

* mobile/newwin.inc.php

<div id="hd_pops_<?php echo $nw['nw_id'] ?>" class="hd_pops" style="top:<?php echo $nw['nw_top']?>px;left:<?php echo $nw['nw_left']?>px;width:<?php echo $nw['nw_width'] ?>px;height:<?php echo $nw['nw_height'] ?>px">
    <div class="hd_pops_con">

를

<div id="hd_pops_<?php echo $nw['nw_id'] ?>" class="hd_pops" style="top:<?php echo $nw['nw_top']?>px;left:<?php echo $nw['nw_left']?>px;">
    <div class="hd_pops_con" style="width:<?php echo $nw['nw_width'] ?>px;height:<?php echo $nw['nw_height'] ?>px">

로 수정

* css/default.css
* css/mobile.css

.hd_pops_con {margin:0 0 30px}
.hd_pops_footer {position:absolute;bottom:0;left:0;padding:10px 0;width:100%;background:#000;color:#fff;text-align:right}

를

.hd_pops_con {}
.hd_pops_footer {padding:10px 0;background:#000;color:#fff;text-align:right}

로 수정

* 주의
이 패치는 사용자가 입력한 내용이 설정된 높이($nw['nw_height'])보다 클 경우 내용이 뚫고 나오는 문제가 있습니다.
.hd_pops_con {overflow-y:scroll} 와 같이 스타일을 변경하여 해결하실 수 있지만, 이럴 경우 가로스크롤이 생겨서 설정된 폭($nw['nw_width'])을 잡아먹게 되는 현상 역시 고려하셔야 합니다.