list.php 에서 

// 분류 선택 또는 검색어가 있다면
$stx = trim($stx);
if ($sca || $stx) {
    $sql_search = get_sql_search($sca, $sfl, $stx, $sop);

    // 가장 작은 번호를 얻어서 변수에 저장 (하단의 페이징에서 사용)
    $sql = " select MIN(wr_num) as min_wr_num from {$write_table} ";
    $row = sql_fetch($sql);
    $min_spt = (int)$row['min_wr_num'];

    if (!$spt) $spt = $min_spt;

    $sql_search .= " and (wr_num between {$spt} and ({$spt} + {$config['cf_search_part']})) ";

    // 원글만 얻는다. (코멘트의 내용도 검색하기 위함)
    // 라엘님 제안 코드로 대체 http://sir.kr/g5_bug/2922
    $sql = " SELECT COUNT(DISTINCT `wr_parent`) AS `cnt` FROM {$write_table} WHERE {$sql_search} ";
    $row = sql_fetch($sql);
    $total_count = $row['cnt'];
    /*
    $sql = " select distinct wr_parent from {$write_table} where {$sql_search} ";
    $result = sql_query($sql);
    $total_count = sql_num_rows($result);
    */
} else {
    $sql_search = "";

    $total_count = $board['bo_count_write'];
}

여기와 아래부분을 처리 하면 될거같은데요

if ($sca || $stx) {

    $sql = " select distinct wr_parent from {$write_table} where {$sql_search} {$sql_order} limit {$from_record}, $page_rows ";
} else {
    $sql = " select * from {$write_table} where wr_is_comment = 0 ";
    if(!empty($notice_array))
        $sql .= " and wr_id not in (".implode(', ', $notice_array).") ";
    $sql .= " {$sql_order} limit {$from_record}, $page_rows ";
}