엄청 복잡하네요 어디서부터 어디까지 짚어서 할수있는게 아니라 새로 만드시고 두개 디비를 조인해서 해보세요

조인해서 검색 할수있을것 같아요(?)

    for ($i=0; $row=sql_fetch_array($result); $i++)
    {
        if ($is_admin != 'super')
        {
            // 그룹접근 사용에 대한 검색 차단
...
        }
        $g5_search['tables'][] =  $g5['write_prefix'].$row['bo_table']; 여기서 prefix 추가하고
        $g5_search['read_level'][] = $row['bo_read_level'];
    }

이 루프가 끝나고

        $g5_search['tables'][] = 'A사이트db명.g5_write_a';  
        $g5_search['read_level'][] = 1;

        $g5_search['tables'][] = 'A사이트db명.g5_write_b';  
        $g5_search['read_level'][] = 1;

이렇게 두 개 추가하면 되지 않을까요

    $total_count = 0;
    for ($i=0; $i<count($g5_search['tables']); $i++) {
        $tmp_write_table   = $g5_search['tables'][$i];

여기서 prefix 빼시고,

그누보드 게시판 구조상 게시판에서 통합검색 하기 어렵습니다.

데이타베이스에서 view 테이블 생성해서 모든 게시판에서 wr_id,wr_subject,wr_content, 부분과 g5_board 에서서 bo_table,bo_skin 등 필요한 필드를 조인해서 사용하시면 됩니다.

create VIEW `g5_search` AS

select `a`.`wr_id` AS `wr_id`,`a`.`wr_subject` AS `wr_subject`,`a`.`wr_content` AS `wr_content`,`a`.`wr_datetime` AS `wr_datetime`,`b`.`bo_table` AS `bo_table`,`b`.`bo_skin` AS `bo_skin`

from (`g5_write_airport` `a` left join `g5_board` `b` on((`b`.`bo_table` = 'airport'))) union

select `a`.`wr_id` AS `wr_id`,`a`.`wr_subject` AS `wr_subject`,`a`.`wr_content` AS `wr_content`,`a`.`wr_datetime` AS `wr_datetime`,`b`.`bo_table` AS `bo_table`,`b`.`bo_skin` AS `bo_skin` from (`g5_write_consulting` `a` left join `g5_board` `b` on((`b`.`bo_table` = 'consulting')))

이후 검색을 g5_search 테블에서 하고 링크를 bo_table 과 wr_id를 통해 해당 게시글로 이동시키면 됩니다.