도움이 될지 모르겠습니다...

저도 초보라서 확실한 코드인지는 자신하지 못하는데요.. 링크된 소스 수정을 했습니다..

50라인 쯤에..

$sql_search = "";

//공지 중복출력 방지 추가사항
$notice_cnt = 0;
$str_notice = trim($board[bo_notice]);
$str_notice = substr($str_notice, 0, strlen($str_notice)-1);
$arr_notice = explode(",", $str_notice);

if($str_notice) {
    $notice_cnt = count($arr_notice);
    $no_notice_qry = " and wr_id not IN($str_notice) ";
}
//추가사항 끝

그 바로 아래
$total_count = $board['bo_count_write']; <-- 이부분 대신(원본 코드)
$total_count = $board['bo_count_write'] - $notice_cnt + 1; <-- 이렇게 수정(수정 사항)

좀더 내려가셔서..

/*
$total_page  = ceil($total_count / $page_rows);  // 전체 페이지 계산
if (!$page) { $page = 1; } // 페이지가 없으면 첫 페이지 (1 페이지)
$from_record = ($page - 1) * $page_rows; // 시작 열을 구함
*/

위 부분을 아래와 같이 수정하시고
$total_page  = ceil($total_count / $board[bo_page_rows]);  // 전체 페이지 계산
if (!$page) { $page = 1; } // 페이지가 없으면 첫 페이지 (1 페이지)
$from_record = ($page - 1) * $board[bo_page_rows]; // 시작 열을 구함

또 내려 가셔서..
//$sql = " select * from {$write_table} where wr_is_comment = 0 {$sql_order} limit {$from_record}, $page_rows "; <-- 원본 코드

$sql = " select * from {$write_table} where wr_is_comment = 0 {$no_notice_qry} {$sql_order} limit {$from_record}, $page_rows"; <-- 이렇게 수정

좀더 간결하고 확실한 방법은 고수님들께서 해주시리라 믿습니다..
조금이나마 도움이 되면 좋겠습니다..

만약 앞에 공지만 나오게 하고 싶으시면

//skin/board/basic/list.skin.php

74번째 라인에 포문에서
    for ($i=0; $i<count($list); $i++) {

//이부분 추가
if (!$list[$i]['is_notice']){continue;}

하시면 공지가 아닌글은 출력 되지 않습니다.

공지 쓰실때 분류를 공지로 안쓰고 하시면 되지않을까요?

감사합니다. *^^*