깨끗하거든요..

대략 코드 어느 부분쯤에 있을까요?

정확한건 확인이 안되지만 이 안 확인해 보시라고 말씀드리는 겁니다. ^^

<?php
if (!defined('_GNUBOARD_')) exit; // 개별 페이지 접근 불가

// 선택옵션으로 인해 셀합치기가 가변적으로 변함
$colspan = 5;

if ($is_checkbox) $colspan++;
if ($is_good) $colspan++;
if ($is_nogood) $colspan++;

// add_stylesheet('css 구문', 출력순서); 숫자가 작을 수록 먼저 출력됨
add_stylesheet('<link rel="stylesheet" href="'.$board_skin_url.'/style.css">', 0);
?>

<!-- 게시판 목록 시작 { -->
<div id="bo_list" style="width:<?php echo $width; ?>">

    <!-- 게시판 카테고리 시작 { -->
    <?php if ($is_category) { ?>
    <nav id="bo_cate">
        <h2><?php echo $board['bo_subject'] ?> 카테고리</h2>
        <ul id="bo_cate_ul">
            <?php echo $category_option ?>
        </ul>
    </nav>
    <?php } ?>
    <!-- } 게시판 카테고리 끝 -->

    <form name="fboardlist" id="fboardlist" action="<?php echo G5_BBS_URL; ?>/board_list_update.php" onsubmit="return fboardlist_submit(this);" method="post">

    <input type="hidden" name="bo_table" value="<?php echo $bo_table ?>">
    <input type="hidden" name="sfl" value="<?php echo $sfl ?>">
    <input type="hidden" name="stx" value="<?php echo $stx ?>">
    <input type="hidden" name="spt" value="<?php echo $spt ?>">
    <input type="hidden" name="sca" value="<?php echo $sca ?>">
    <input type="hidden" name="sst" value="<?php echo $sst ?>">
    <input type="hidden" name="sod" value="<?php echo $sod ?>">
    <input type="hidden" name="page" value="<?php echo $page ?>">
    <input type="hidden" name="sw" value="">

    <!-- 게시판 페이지 정보 및 버튼 시작 { -->
    <div id="bo_btn_top">
        <div id="bo_list_total">
            <span>Total <?php echo number_format($total_count) ?>건</span>
            <?php echo $page ?> 페이지
        </div>

이 상태로 깨끗하거든요 ....

보여주신 list.skin.php 파일은 해당 스킨이 아닙니다?
<div id="bo_btn_top"> , 이 블럭 전에
'전체', '분류1', '분류2', '분류3'  마크업 소스 블럭이 있어야합니다.

아 이 코드 아랫부분 코드는 생략했고요
테마/베이직 스킨이거든요

여튼, 보여주신 list.skin.php 파일은 해당 스킨이 아닙니다.

코드 수정하면서 확인해보았는데 해당스킨이 정확합니다.
어떤 면에서 다른것으로 보이는건가요?

<div id="bo_btn_top"> , 이 블럭 전에
'전체', '분류1', '분류2', '분류3'  마크업 소스 블럭이 있어야합니다.

<!-- 게시판 카테고리 시작 { -->
    <?php if ($is_category) { ?>
    <nav id="bo_cate">
        <h2><?php echo $board['bo_subject'] ?> 카테고리</h2>
        <ul id="bo_cate_ul">
            <?php echo $category_option ?>
        </ul>
    </nav>
    <?php } ?>
    <!-- } 게시판 카테고리 끝 -->

이부분 있어요
관리설정에도 (테마) basic 맞고요
참 이상하기가 그지없습니다

<!-- 게시판 카테고리 시작 { -->
    <?php if ($is_category) { ?>
    <nav id="bo_cate">
        <h2><?php echo $board['bo_subject'] ?> 카테고리</h2>
        <ul id="bo_cate_ul">
            <?php echo $category_option ?>
        </ul>
    </nav>
    <?php } ?>
    <!-- } 게시판 카테고리 끝 -->

이부분 있어요
관리설정에도 (테마) basic 맞고요
참 이상하기가 그지없습니다

그러시면.
/theme/basic/skin/board/basic/list.skin.php에 있을텐데요 ㅠㅠ

프로젝트 전체를 편집기에 올려, '분류3'을 찾아보세요.

감사합니다