테마를 사용하시면 theme/basic/css/defaul.css 열으시면 주석문이 보이실텐데..

css수정한게 없으시다면 아래 내용을 찾아 고쳐보세요.

/* 메인메뉴 */
#gnb {position:relative;margin:-1px 0 0;border-top:1px dotted #dde4e9;border-bottom:1px solid #dde4e9;background:#ecf0f7}
#gnb h2 {position:absolute;font-size:0;line-height:0;overflow:hidden}
#gnb_1dul {margin:0 auto !important;padding:0;width:970px;zoom:1}
#gnb_1dul:after {display:block;visibility:hidden;clear:both;content:""}
.gnb_1dli {z-index:10;position:relative;float:left}
.gnb_1da {display:inline-block;padding:0 40px 0 10px;height:35px;background:url('../img/gnb_bg00.gif') center right no-repeat;font-weight:bold;line-height:2.95em;text-decoration:none}
.gnb_1da:focus, .gnb_1da:hover {background:url('../img/gnb_bg00.gif') #333 center right no-repeat;text-decoration:none}
.gnb_1dli_air .gnb_1da {background-color:#333;color:#fff}
.gnb_1dli_on .gnb_1da {background-color:#333;color:#fff}
.gnb_2dul {display:none;position:absolute;top:35px;width:180px}
.gnb_2da {display:block;padding:13px 10px;text-align:left;text-decoration:none}
.gnb_1dli_air .gnb_2da {background-color:#333;color:#fff}
.gnb_1dli_on .gnb_2da {background-color:#333;color:#fff}
.gnb_2da:focus, .gnb_2da:hover {background:#666;text-decoration:none}
.gnb_1dli_over .gnb_2dul {display:block;left:0;background:#fff}
.gnb_1dli_over2 .gnb_2dul {display:block;right:0;background:#fff}

#gnb_empty {padding:10px 0;width:100%;text-align:center;line-height:2em}
#gnb_empty a {text-decoration:underline}

위 내용 중에 :focus 부분의 background 색상을 교체해보세요.

만약에 스킨을 사용중이시라면,

theme/basic/skin/shop/basic/style.css 에서

/* aside:gnb */
#gnb {margin:0 0 5px;padding:0 0 10px;border:1px solid #d5d5d5;background:#f2f5f9}
#gnb h2 {position:absolute;font-size:0;line-height:0;overflow:hidden}
.gnb_1dli {position:relative}
.gnb_1dli_on {color:#fff;text-decoration:none}
.gnb_1da {display:block;padding:7px 10px;border-bottom:1px solid #f4f4f4;background-color:#fff;font-weight:bold;text-decoration:none}
.gnb_1dam {background:url('img/gnb_bg00.gif') #fff center right no-repeat}
.gnb_1dli_on .gnb_1da {background-color:#626870;color:#fff;text-decoration:none}
.gnb_1dli_on .gnb_1dam {background:url('img/gnb_bg01.gif') #626870 center right no-repeat;color:#fff;text-decoration:none}
.gnb_2dul {display:none;z-index:1000;position:absolute;border:1px solid #e9e9e9} /* border Modify */
.gnb_1dli_over .gnb_2dul, .gnb_1dli_over2 .gnb_2dul {display:block;top:0;left:127px;width:130px;background:#fff}
.gnb_2da {display:block;padding:10px;border-bottom:1px solid #e9e9e9} /* display Modify. padding, border Add */
.gnb_1dli_over .gnb_2da {display:block;padding:10px;border-bottom:1px solid #e9e9e9}
.gnb_2da:focus, .gnb_2da:hover {background:#f2f5f9;text-decoration:none}

위 내용의 :focus 부분 background를 고치세요.

테마 스킨을 사용하는게 아니라 일반 스킨을 사용하신다면

/skin/shop/스킨폴더명 안에 있는 style.css 에서 위 내용들을 찾아보시면 되겠네요..