$is_crop 변수를 체크하시면 됩니다.

아래 설명을 참고하세요.

여백이 있는 스킨들은 썸네일 생성 함수를 살펴보면 크롭 설정이 false로 되어 있을 겁니다.
lib/thumbnail.lib.php 파일을 살펴보면 $is_crop=false로 되어 있죠.

// 게시글리스트 썸네일 생성
function get_list_thumbnail($bo_table, $wr_id, $thumb_width, $thumb_height, $is_create=false, $is_crop=false, $crop_mode='center', $is_sharpen=false, $um_value='80/0.5/3')
{

저 부분을 $is_crop=true 로 변경하면 고정된 사이즈로 크롭 돼서 여백이 생기지 않습니다.
수정 후 반드시 관리자페이지 > 환경설정 > 썸네일파일 일괄삭제를 클릭해야 반영됩니다.

원본 파일을 손대지 않고 스킨에서 별도로 처리하는 방법도 있습니다.

게시판 스킨 : list.skin.php
최신글 스킨 : latest.skin.php

스킨 파일에서 썸네일 생성 코드가 있는데 게시판 스킨 기준으로 보통 이렇게 되어 있죠.

$thumb = get_list_thumbnail($board['bo_table'], $list[$i]['wr_id'], $board['bo_gallery_width'], $board['bo_gallery_height']);

최신글 스킨은 일부 차이가 있지만 여기서 중요한 부분은 가로 세로 설정 옵션까지만 있다는 겁니다.
저 부분에 크롭 설정 옵션까지 포함시키면 됩니다.

$thumb = get_list_thumbnail($board['bo_table'], $list[$i]['wr_id'], $board['bo_gallery_width'], $board['bo_gallery_height'], false, true);

마지막에 있는 true 가 크롭 설정입니다.
true 로 하면 여백 없이 출력되고 false 로 하면 여백이 생깁니다.
최신글 스킨도 원래 있던 부분에 뒷부분 옵션 두 개만 추가하면 됩니다.

최근 5.3 버전 그누보드 기본 갤러리 스킨은 아마 적용되어 있을 겁니다.

수정 후 반드시 관리자 페이지 > 환경설정 > 썸네일파일 일괄삭제 클릭! 

## 이미지를 크롭 할 때 기준점을 중간이 아닌 상단으로 변경하기 ##

썸네일 옵션 마지막 부분에 'top' 추가

변경 후 환경설정 > 썸네일파일 일괄삭제 클릭

$thumb = get_list_thumbnail($board['bo_table'], $list[$i]['wr_id'], $board['bo_gallery_width'], $board['bo_gallery_height'], false, true, 'top');