빨강앵두님과 유자님이 자세히 설명을 잘 해주셨네요.
혹시나 해서 조금 덧 붙입니다.
head2, head3 이라고 만들어 놓은 파일이 각게시판 상단에 따로 적용할 파일이라면
게시판설정에 들어가서 상단 파일 경로에 head2.php 또는 head3.php라고 적으시고
하단 파일 경로란에는 tail.php를 적용시켜주신 다음 메뉴에는 게시판 주소를 링크시
켜 주세요.
?doc=bbs/gnuboard.php&bo_table=게시판이름    이렇게 하시거나
http://홈주소/?doc=bbs/gnuboard.php&bo_table=게시판이름  전체경로를 링크하시면 됩니다.

안녕하세요. 그누를 접하신지 얼마 안돼시는거 같네요^^
링크를 따라가보니 연결이 안돼서 아직 해결못하신거 같아 멘트를 남깁니다.

우선 head1.php  head2.php  head3.php를 만드셨다면
각각의 파일 상단에

<?
if (!defined("_GNUBOARD_")) exit; // 개별 페이지 접근 불가

/*
    사용자 화면 상단과 좌측을 담당하는 페이지입니다.
    상단, 좌측 화면을 꾸미려면 이 파일을 수정합니다.
*/
include "./bbs/gblayer.php";
?>

요거를 입력합니다.

그다음에 indexdoctype.php파일을 여시면

    // DESIGN 은 상단, 하단 파일을 필요로 하는 TYPE
    case "DESIGN" :
        include './head.sub.php';
        include './head.php';
        echo $ob_content;
        include './tail.php';
        include './tail.sub.php';
        break;

이런 부분이 있습니다.
저 부분을 헤드파일수 만큼 만듭니다.
 예를들어
    // DESIGN 은 상단, 하단 파일을 필요로 하는 TYPE
    case "DESIGN" :
        include './head.sub.php';
        include './head.php';
        echo $ob_content;
        include './tail.php';
        include './tail.sub.php';
        break;
    // DESIGN1 은 상단, 하단 파일을 필요로 하는 TYPE
    case "DESIGN1" :                                <<<<<변경
        include './head.sub.php';
        include './head1.php';              <<<<<변경
        echo $ob_content;
        include './tail.php';
        include './tail.sub.php';
        break;
    // DESIGN2 은 상단, 하단 파일을 필요로 하는 TYPE
    case "DESIGN2" :                          <<<<<변경
        include './head.sub.php';
        include './head2.php';                <<<<<변경
        echo $ob_content;
        include './tail.php';
        include './tail.sub.php';
        break;
    // DESIGN3 은 상단, 하단 파일을 필요로 하는 TYPE
    case "DESIGN3" :                <<<<<변경
        include './head.sub.php';
        include './head3.php';          <<<<<변경
        echo $ob_content;
        include './tail.php';
        include './tail.sub.php';
        break;
이렇게 추가합니다.,

만약 tail파일도 틀리다면 tail1.php tail2.php tail3.php
이렇게 지정합니다.

물론 tail1.php tail2.php tail3.php이 생성이 돼 있어야하구요..

그리고 여기서 중요..
불러오실때는 헤드를 불러오시는게 아니구요..
만약 회사소개페이지라면 company.php라는 파일이 있을떄 경로는
네이버로 예를 들겠습니다. (생성폴더가 gnu3라면..)

http://www.naver.com/gnu3/?doc=company.php
이렇게 불러오구요..
드림위버로 링크거실경우는  ?doc=company.php요렇게합니다.

그리고 또 중요한게 company.php을 만약 head2.php파일로 적용시키시고 싶다면
위에 indexdoctype.php를 수정한것처럼

company.php상단에
<?
if (!defined("_GNUBOARD_")) exit; // 개별 페이지 접근 불가

define("_DOCTYPE_", "DESIGN2");  <<<<<<<요기가 중요

$html_title = $default[de_subject];
?>

이런식으로 넣어주셔야 불러올 수 있습니다.

메인의 최신글 부분은 이부분 먼저 해결하시고 하심이 좋을거 같습니다.

처음이신거같아 나름대로 자세히 적어봣습니다. 참고하세요.

[특정페이지에 하이퍼링크를 시켰을 경우, 특별한 오류메시지가 없다면 다음을 점검]
1. 목적하는 각각의 문서페이지 연동방식(호출방식) 확인
 그누보드는 '설치경로/?doc='과 같은 형식으로 호출해야 함.

2. 상단메뉴 링크
 -. 홈페이지에서 현재 링크방식
    일반적인 방법 사용 : A HREF="HEAD.PHP"
 -. 그누보드에서 연동하는 방식
    ?doc을 추가해서 링크 : a href="?doc=head.php"
    (head.php파일의 위치가 그누보드 설치경로와 동일할 경우라고 가정)

3. 나머지 질문내용은 전체검색을 활용하시기 바랍니다.
  전체검색 > AND검색 > main.php
  전체검색 > AND검색 > main.php >>root님 게시물 참조(이렇게 직접 지정해 드려야 그나마 쉽겠죠?)