delete_point라는 함수가 있었던가요?
있으면 함수 찾아서 올려주시면, 도움 드리기 쉬울것 같네요.

없다면 만드셔야 겠지요 ;;

포인트주는것과 동일하게 업데이트 포인트 함수를 쓰시고..
포인트부분에 -를 쓰시면 됩니다.

제가 보기에는 delete_point로 넘겨주시는 인자가 잘못된거 같은데요,,

insert_point($write['mb_id'], 100, "{$bo_table} - {$wr_id} 코멘트추가 포인트", $bo_table, $wr_id, $member['mb_id']);

위 소스가 참고로 하셔서 만드시 소스 중 포인트를 주는 부분입니다.

delete_point($source_mb_id, $bo_table, $source_mb_id, '코멘트평가포인트')) 
이 소스가 pray님이 사용하신 delete_point 소스구요

function insert_point  ($mb_id, $point, $content='', $rel_table='', $rel_id='', $rel_action='')
function delete_point ($mb_id, $rel_table, $rel_id, $rel_action)

위가 insert_point와 delete_point 함수 선언인데 공통으로 들어가는 부분 $mb_id랑 $rel_table, $rel_id, $rel_action이 동일해야 검색이 제대로 이뤄져 해당하는 포인트 레코드가 지워지겠죠?

제가 보기에 몇몇군데가 이상해서 좀 고쳐봤습니다.

$write = sql_fetch(" select * from $write_table where wr_id = '$comment_id' ");
$arr =mysql_fetch_array(mysql_query("select wr_id, mb_id from $write_table where wr_id='$write[wr_parent]'"));

$source_wr_id = $arr[0];
$source_mb_id = $arr[1];

if ($member['mb_id'] != $source_mb_id)
{
if (!delete_point($source_mb_id, $bo_table, $source_wr_id, $write[mb_id])
insert_point($source_mb_id, ($board[bo_1])* (-1), "$bo_table $wr_id-{$member['mb_id']}코멘트평가삭제", $bo_table, $wr_id, $member['mb_id']);
}

1. 제가 보기엔 이소스 위치 자체가 좀 이상한거 같습니다. write_comment_update.head.skin.php 가 아니라 코멘트 삭제시라면 delete_comment.head.skin.php에 들어가야 될듯 합니다.
2. $delete_comment.php를 보시면 $write함수는 delete_comment.head.skin.php 를 include 해오는 아래부분에서 선언이 됩니다. 따라서 위에서 쓰신
$arr =mysql_fetch_array(mysql_query("select mb_id from $write_table where wr_id='$write[wr_parent]'")); 여기에 $write[wr_parent]는 아마 빈값일겁니다.
3. 위에 설명해 놓은거처럼 delete_point에 넣어놓은 인자를 잘 비교해 보시기 바랍니다. 참고로 delete_point 젤 마지막 $rel_action에는 코멘트 작성자 아이디가 들어가야할듯 싶습니다.

뭐 일단 눈에 보이는것만 대충 적어봤는데 제가 테스트를 해보진 않아서 잘돌아갈진 모르겠네요,,

코멘트 등록시
insert_point($write['mb_id'], 100, "{$bo_table} - {$wr_id} 코멘트추가 포인트", $bo_table, $wr_id, $member['mb_id']);
여기에 들어가는 인자들을 한번다 찍어보고
코멘트 삭제시
delete_point($source_mb_id, $bo_table, $source_wr_id, $write[mb_id])
여기에 들어가는 인자들을 다 찍어보세요.
직접 출력되는 값으로 비교해보면 어디서 틀린지 쉽게 확인하실수 있을실 거에요,,!!

준만큼 뺏는거는...http://sir.co.kr/bbs/board.php?bo_table=g4_qa&wr_id=169043#c_169097 도움이 될진 모르겠습니다.