전체 검색에서는 search.php 로 가서 그곳에서 처리를 하기 때문에 . 검색어를 디비로 입력할수 가 있습니다.
그러나 list.skin.php 에서 사용할 경우 에는 list.php 파일에서 처리를 하기 때문에
list.php 파일에 . 인기 검색어 insert 하는 부분을 추가 해줘야 합니다.
다른 방법은 list.search.skin.php 파일같은걸 만들어서 form 의 action=list.search.skin.php  로 보낸뒤 다시 list.php 로 값을 넘기는 방법이 있습니다.

- 제 생각에는 search.php 파일의 인기 검색어 입력하는 부분을 참고 하셔서 list.php 에 작업을 하시는게 모든 게시판에서 적용되게 할수 있겠네요.