두 홈페이지라는 부분이 이해가 잘 안되네요..
아래 다른 글 보니까, 한계정의 두 홈페이지라는데, 두 홈페이지가 다른 웹주소에서 두개의 그누보드를 사용하시는 건가요?  그렇다면, 두 세트의 head/tail.php 가 있겠네요.

아니면,  하나의 그누보드에서 다른 게시판 이나 다른 게시판 그룹을 얘기하시는 건가요?
그렇다면, 게시판별로 관리자 화면에서 다른 상단/하단 화일을 지정하셔서 사용하실 수 있습니다.

'두홈페이지'가 무슨 뜻인지, 정확하게 설명해주시면, 해답도 정확히 받으실 수 있을것 같습니다. ^^

그럼 g블로그 설정 문제네요. -_-;

지금 다운 받아서 코드를 봤는데, 자체적인 head와 tail 스킨을 사용하도록 되어 있군요.

    include_once("$blog_skin_path/head.skin.php");
    ...
    include_once("$blog_skin_path/tail.skin.php");

혹시 이부분을 그누보드의 head 와 tail 로 바꾸신건가요?

어쨋든, 원래 답변과 같지만, g블로그용 head와 tail로 새로 만드셔서 include_once 하시면 됩니다.

예를 들어, head.php를 head.blog.php 로 복사하시고 그안의 내용을 원하시는대로 바꾸고,
g블로그 index.php에서

    include_once("$gb4[path]/head.blog.php");

식으로 include 하시면 됩니다.  g블로그 소스코드를 다 뒤져보지 않았기에 또 어느곳에서 같은 수정을 해야 할지는 모르겠지만요..

아무래도 제가 지식이 부족한가 봅니다.
아직도 무엇을 원하시는지 모르겠네요. ^^;

질문글을 다시 올리셔서 다른 분들의 도움을 받아보세요. ^^