코딩 형식의 차이가 제일 크고요
간단히 이야기하자면 table 코딩과 div 코딩의 차이점이고요
한번 설치해보시면 차이점을 명확히 아실수있을꺼예요

DTD 버전이 w3c 웹표준에 거의 가깝습니다.

원본 그누보드는 대부분 table 코딩에 css가 따로 나눠져있지 않고
DTD 버전은 원본과 코딩도 많이 다르게되있고 원본 그누보드의 빌더 설치 시에는 당연히 오류가 날 수도 있겠죠.

사용하려는 게시판, 빌더 등 php 오류 해결 능력없으면 좀 힘들겠지만 빌더를 사용치않고 메뉴, 로그인 스킨 모두 직접 입히실 수 있다면 개인적으로 DTD로 처음 시작하는걸 추천합니다.

빠른 것도 DTD버전 그누보드가 아주 조금 빠르겠지만요..
웹표준에 가까울수록 웹봇들이 접근하기가 더 쉬워진다고도 들었습니다.