해당 주소부분 코드를 올려주시면 정확하게 이야기드릴수있을것같고요
주소 부분 제일 앞에 <?=$g4[bbs_path]?> 이 코드를 사용하면 bbs폴더로 지정됩니다

bbs/ 폴더안에 있어야 할걸 메인으로 인크루도 하시니까 안되는거 같은데요.
[href] = "./board.php?  이부분이 링크부분인거 같은데 메인에서 열리게 하시려면
[href] = "./bbs/board.php? 이렇게 하시면 될거 같아요.
그럼 또 http://ss1145.iptime.org/shim/bbs/new.php 이곳에서는 연결이 안될겁니다.

그래서 사용을 하시려면 bbs/new.php를 하나 카피하시고 bbs/new2.php 로 만드셔서
올린다음
91번줄  "./board.php?bo 이부분은  "./bbs/board.php?bo 로 바꾸시고

106번줄 include_once("$new_skin_path/new.skin.php"); 이거는 new2.skin.php로 변경해준후

/skin/new/basic/new2.skin.php 를 하나 카피해서 만드신후
52번줄부분 ./new.php?를 ./bbs/new.php?로 변경, 그밑에꺼도 변경후
/skin/new/basic/new2.skin.php 를 업로드 하시고

메인에 <?=include_once("$g4[bbs_path]/new2.php"); ?>  이렇게 하심될거 같아요.
메인에 따로 불러오는 new.php 를 추가로 만드시는거죠.