보통 이럴 경우 host.conf 에서 폴더로 설정을 하는데요
html/a
html/b
html은 기본폴더 이고 a.com의 root dir 은 /a로 사용 /b도 마찬가지
이렇게 하면 편하지만 이게 되지 않는다면
html/index.php 폴더에서 frameset 을 사용해도 아니면
if($_SERVER['SERVER_NAME'] == "a.com" || $_SERVER['SERVER_NAME']=="www.a.com")문으로 a.com 이라는 도메인이 들어왔을때는 폴더 a로 보내고
b.com으로 들어오면 b폴더로 보내고요

주소가 문제가 된다면 아무래도 host를 만드시는게

도메인 연결하는 것은 불량학생님이 답해주셧으니,

두개의 그누보드를 사용하는 것에 대한 팁을 드린다면..
(활용팁에 누군가의 팁을 본기억이 있는데... 함 찾아보시구요)
로그인 세션을 같이 사용하실지와 완전 다른 그누보드로 이원화해서 보일지에 따라 다릅니다.
회원디비를 공유하는 방법이라면..  data 폴더를 같이 사용하도록 ln 명령어를 이용해서 사용하시고요,

서로 다른 그누보드를 사용하고자 하신다면.. 두번째 그누보드를 생성할대 테이블 고유식별자  g4_ 를 다른것으로 변경생성되도록 소스 일부를 수정하셔야 합니다.
이또한 팁 또는 QnA에 누군가 올리신것을 본 기억이 있네요..  ^^