메인페이지로 넘어가기 전에 cookie가 삭제되는 부분이 있는지 보셔야 될거 같네요
cookie가 삭제된다는건 다시한번 빈 cookie가 굽혔는지를 보라는 말입니다.
cookie삭제는 따로 없으니까 말입니다.
로그인 페이지에서 메인페이지까지 페이지 트래킹을 한번 해보세요

http://kr1.php.net/manual/en/function.setcookie.php

bool setcookie ( string $name [, string $value [, int $expire = 0 [, string $path [, string $domain [, bool $secure = false [, bool $httponly = false ]]]]]] )

expire, path, domain 에 따라서 사라질수있어요.

우선 /bbs/ 에 check_cookie.php 를만드셔서 거기서 테스트해보시구요
거기서도 안나온다면 expire 문제나 도메인문제겠죠

그리고 그누보드에서는 /lib/common.lib.php 에 쿠키 함수가 있어요
그걸 이용하는게 제일 쉬워요

// 쿠키변수 생성
function set_cookie($cookie_name, $value, $expire)
{
    global $g4;

    setcookie(md5($cookie_name), base64_encode($value), $g4[server_time] + $expire, '/', $g4[cookie_domain]);
}


// 쿠키변수값 얻음
function get_cookie($cookie_name)
{
    return base64_decode($_COOKIE[md5($cookie_name)]);
}