저와 같은 증상을 앓고계시는군요...
아마도 도메인 때문에 세션이 풀리는 것 같은데...

누가 치료제좀 주세요... ㅡ.ㅜ

저같은 경우 5개의 도메인이 무조건 한곳으로 연결 되어있는데
타 도메인으로 들어왔을 경우 무조건 한곳(www 마저 없는 것으로 통일)으로 강제 이동하게 합니다.
지금까지 별 무리 없이 쓰고 있습니다.

_common.php 파일에 공백없이

<? if ($_SERVER["HTTP_HOST"]!="aaa.com") header("location:http://aaa.com");?>

추가해서 쓰고 있습니다.(모든 페이지에 적용되게 됩니다.=>index파일에는 _common.php를 includeonce 하게 되어있습니다.)

장점은, http://www와 http://는 물론 다른 도메인 쿠키에 대해서 전혀 신경 쓰지 않아도 된다는것이고..(사실은 해결할 능력도 없고..)

단점은, aaa.com으로 기본으로 접속하게 했다면, bbb.com/하위디렉토리 로 접속시에도
 다시 aaa.com 인덱스 페이지로 돌아간다는것..
저의 경우는 일부러 bbb.com/bbs/등 주소로 접속할 필요도 없고 오히려 그쪽하위경로로 접속 하지 못하게 하기 위해서
 일부러 한곳으로 모읍니다..

다 아시는 내용이었다면 죄송합니다. 저같은 초보님들은 참고하세요~

그누보드를 2개를 설치하고요....
디비도 공유하고요....
위의 채택된 답변 참고하여 들어오는 헤더경로를 체크하여 리플래쉬해주고요....
data 폴더는 심볼릭링크해주고요....
html 소스있는 폴더들도 심볼릭링크...