왕초보라시니까 저도 왕초보지만 눈높이가 같을 거 같아 아는 한도에서 답변 드립니다.

1. 일단 메뉴얼 찬찬히 읽어보시고요.
index.php 부터 확인하시면서 include 된 파일을 하나하나 살펴보시면 알 수 있을 겁니다.
include 라는 건 다른 파일을 삽입할 때 사용하는 함수명이에요.
php 잘 모르시면 빌더자료실에서 맘에 드는 빌더를 골라 사용하시는 것이 더 편할 거 같네요.

2. 그룹이 있고 그룹 아래 게시판을 여러개 생성하는 구조입니다. 한 그룹 아래 필요한 만큼 게시판을 생성하세요.

3. 스킨자료실에 가시면 원하는 스킨이 있을 겁니다. 제대로 된 쇼핑몰을 구현하시려면 영카트 구입하셔야 하고요.