무슨 의미인지 정확히는 모르겠으나 부가세와 소계를 구하는 식을 루프안에 넣을 필요없죠?
공급가를 모두 더하고 빠져나와서 공급가 합계를 10% 나누어 주면 되니까요?
소계도 전체공급가액+전체세액이니까 루프 밖에서 계산하면 되겠죠.

<scRIPT LANGUAGE="Javascript">
function autocal(index,obj){
 var price = filter((fwrite.price[index].value));
 var quantity = filter((fwrite.quantity[index].value));
 if(isNaN(filter(obj.value))){
  alert("숫자를 입력하시오!");
  obj.value = '0';
  obj.focus();
 }else{
  //row별 계산결과 구하기
  fwrite.tot_price[index].value=setComma(eval(price)*eval(quantity));
  //소계 구하기
  var sum_price = 0; //수량
  var sum_quantity = 0; //단가
  var sum_tot_price = 0; //공급가
                                  //부가세
                                  //소계
  for(i=0;i<fwrite.price.length;i++){
  //if()
  sum_price += eval(filter(fwrite.price[i].value));  //수량
  //if()
  sum_quantity += eval(filter(fwrite.quantity[i].value)); //단가
  sum_tot_price += eval(filter(fwrite.tot_price[i].value)); //공급가
                                                                              //부가세
                                                                              //소계
  }
  fwrite.sum_price.value = setComma(sum_price);
  fwrite.sum_quantity.value = setComma(sum_quantity);
  fwrite.sum_tot_price.value = setComma(sum_tot_price);
  fwrite.vat_price.value = setComma(sum_tot_price * 0.1);        //부가세(폼에 부가세 보여줄 필드 추가하세요.)
  fwrite.tot_price.value  = setComma(sum_tot_price + (sum_tot_price * 0.1)); //소계(폼에 소계를 보여줄 필드 추가하세요.)
 }
}

</scRIPT>

하~ 변수가 중복되었군요...지송~